當(dāng)工廠排污鑒定結(jié)論不同時，可通過重新組織鑒定、綜合考量鑒定機(jī)構(gòu)資質(zhì)和方法、進(jìn)行專家論證、通過訴訟由法院判定等方式處理。

1. 重新組織鑒定：首先可以考慮重新選定權(quán)威、中立且具有相應(yīng)資質(zhì)的鑒定機(jī)構(gòu)進(jìn)行再次鑒定。不同的鑒定機(jī)構(gòu)可能由于人員專業(yè)水平、設(shè)備精度、鑒定流程等方面存在差異，導(dǎo)致鑒定結(jié)論不同。重新鑒定能夠在一定程度上避免原鑒定可能存在的誤差或不規(guī)范之處。比如，選擇在行業(yè)內(nèi)口碑良好、具備多年鑒定經(jīng)驗(yàn)且通過相關(guān)認(rèn)證的專業(yè)機(jī)構(gòu)，嚴(yán)格按照科學(xué)的鑒定流程和標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行操作，以獲取更準(zhǔn)確的鑒定結(jié)果。

2. 綜合考量鑒定機(jī)構(gòu)資質(zhì)和方法：對不同鑒定機(jī)構(gòu)的資質(zhì)、信譽(yù)、鑒定人員的專業(yè)背景等進(jìn)行全面評估。具有更高級別資質(zhì)認(rèn)證、更多成功案例以及在該領(lǐng)域有深入研究的機(jī)構(gòu)，其鑒定結(jié)論可能更具可信度。同時，詳細(xì)審查各個鑒定機(jī)構(gòu)所采用的鑒定方法是否科學(xué)、合理且符合相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范。如果某個鑒定機(jī)構(gòu)采用了過時或不被廣泛認(rèn)可的鑒定方法，那么其鑒定結(jié)論的可靠性就需要打折扣。

3. 進(jìn)行專家論證：邀請相關(guān)領(lǐng)域的權(quán)威專家組成專家團(tuán)隊，對不同的鑒定結(jié)論進(jìn)行論證分析。專家憑借其深厚的專業(yè)知識和豐富的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)，能夠從科學(xué)的角度對鑒定過程和結(jié)論進(jìn)行深入剖析，找出差異產(chǎn)生的原因，并給出專業(yè)的意見和建議。專家論證可以為后續(xù)的處理提供科學(xué)依據(jù)和參考方向。

4. 通過訴訟由法院判定：如果涉及到法律糾紛，當(dāng)事人可以向法院提起訴訟。在訴訟過程中，法院會根據(jù)雙方提供的鑒定結(jié)論以及相關(guān)證據(jù)，綜合考慮各種因素，包括鑒定機(jī)構(gòu)的資質(zhì)、鑒定方法的科學(xué)性、鑒定過程的規(guī)范性等，對鑒定結(jié)論的證明力進(jìn)行判斷。法院還可能會要求鑒定人員出庭接受質(zhì)詢，以進(jìn)一步查明事實(shí)真相。最終，法院會依據(jù)法律規(guī)定和事實(shí)情況作出公正的判決。

《中華人民共和國民事訴訟法》第七十九條 當(dāng)事人可以就查明事實(shí)的專門性問題向人民法院申請鑒定。當(dāng)事人申請鑒定的，由雙方當(dāng)事人協(xié)商確定具備資格的鑒定人；協(xié)商不成的，由人民法院指定。當(dāng)事人未申請鑒定，人民法院對專門性問題認(rèn)為需要鑒定的，應(yīng)當(dāng)委托具備資格的鑒定人進(jìn)行鑒定。

《最高人民法院關(guān)于民事訴訟證據(jù)的若干規(guī)定》第三十四條 人民法院應(yīng)當(dāng)組織當(dāng)事人對鑒定材料進(jìn)行質(zhì)證。未經(jīng)質(zhì)證的材料，不得作為鑒定的根據(jù)。經(jīng)人民法院準(zhǔn)許，鑒定人可以調(diào)取證據(jù)、勘驗(yàn)物證和現(xiàn)場、詢問當(dāng)事人或者證人。